تنطلق قيم المعهد من الرؤية التي تتركز حول الكيفية التي من خلالها يمكن تنمية وتمكين اليتيم من خلال تقديم الرعاية الشاملة، ومناصرة قضاياه وحقوقه، وفق منهج قيمي واضح ضمن بيئة إنسانية داعمة ومشاركة مجتمعية فاعلة لإنصاف اليتيم وحمايته من العنف وتوفير بيئة آمنة له تضمن نموه بشكل سليم.
ويسعى المعهد للالتزام بالقيم والمبادئ التالية:
الإنسانية: نؤمن بدورنا الإنساني ورسالتنا السامية في التعامل مع المجتمع بغض النظر عن الجنس أو الدين أو التوجهات السياسية والثقافية.
المسئولية الاجتماعية: نؤمن بمسئوليتنا اتجاه مجتمعنا الفلسطيني في خدمة اليتيم وأسرته وتقديم كافة ما يلزمه ليكون عضوا فاعلا في مجتمعه.
الكرامة: نؤمن بأن كل إنسان له الحق في العيش بكرامة، وهو حق طبيعي وقيمة مجردة تولد مع الإنسان.
الأمانة: نؤمن بوجوب أداء عملنا والوصول إلى من يستحق بكل أمانة، فهي الضامن الوحيد للحقوق، وهي الطريقة المثلى لاستقرار المجتمع.
الإحسان: نؤمن بضرورة إتقان العمل الذي نقوم به وبذل الجهد لإجادته ليصبح على أكمل وجه، مستشعرين مراقبة الله لنا.